第十一集：

尼克和维罗尼卡通过调查，发现副总统卡罗林通过权力从能源计划中挪用巨额资金，用于总统竞选，这也是卡罗林要将林肯置于死地的真正原因。奎因找到尼克等藏匿之所，他伪装成受伤的路人骗尼克为其开门，并开枪打伤尼克。奎因告诉维罗尼卡如果不说出他们对案情的了解情况，尼克将因失血过多而丧命。维罗尼卡趁奎因不备逃脱绳索束缚，在三人准备逃脱时被奎因发现，关键时刻LJ将奎因推入陷阱中，三人顺利逃脱。

一日迈克尔突然被通知有一名自称为迈克尔夫人的女士探视，她正是迈克尔的友人尼卡，尼卡为迈克尔带来了他所想要的“信用卡”，莎拉目睹迈克尔与尼卡亲密吻别的一幕，内心感觉微妙。维斯特莫兰从瓦登处得知唯一的女儿得了食道癌不久将别于人世，尽管女儿想见维斯特莫兰最后一面，但他却无法得到特赦令，绝望之下维斯特莫兰下定决心加入越狱队伍。迈克尔计划中的一个重要工具金表被狱警私吞，迈克尔拜托维斯特莫兰的室友略施小计偷回金表，计划顺利推进中。

尼卡似曾相识的容貌让白兰克对她的身份产生怀疑。白兰克在某酒吧找到正在伴舞的尼卡，并以揭发她黑市户口为要挟，尼卡被迫无奈只能说出帮迈克尔带信用卡的事情。对迈克尔的感情以及他迷一样的身份让莎拉困扰不已，她毅然选择斩断情丝，望着莎拉离去的背影迈克尔有口难言。

第十二集：

迈克尔计算出他们越狱的总时间仅有18分钟，这意味着现在的7人中必须有一人退出，众人将目标指向了背包。不料背包料到他可能被踢出局，早已做好防备。他告诉迈克尔已将全部计划告诉外面的朋友，如果在动手前5分钟结束后20分钟未得到他的回音，就会揭发整个计划。阿布鲁兹通过电话纪录查到接应背包的人正是他的堂兄杰姆士，为了免除后患，阿布鲁兹派人将杰姆士杀死，在行动中误杀一名小男孩，阿布鲁兹对此深感愧疚。有一人必须出局的现状在越狱小组内部引起恐慌，为了不让自己成为弃儿，便条企图拉拢苏克雷。他告诉苏克雷在整个行动中只有阿布鲁兹和维斯特莫兰才是迈克尔需要的帮手，其他人都是累赘，苏克雷对迈克尔的信任开始动摇。

一切都在迈克尔的掌握中顺利进行，现在从储藏室进入医疗室的唯一障碍就是如何爬上20多米高的通气管道，迈克尔利用水位巧妙的将问题解决。阿布鲁兹企图杀掉背包，但在背包的苦苦哀求之下心软决定放他一条生路，谁知当阿布鲁兹转身时背包趁机拿出刀片划向阿布鲁兹的颈部，阿布鲁兹倒在血泊中。另一方面迈克尔潜入秘道进行计划时，狱警突然赶到，为了拖延时间林肯对狱警大打出手，迈克尔安然无恙，但只剩下36个小时就要被送上电椅的林肯却因此被监禁起来。

第十三集：

除迈克尔以外，其他四人都执意要在当晚实施越狱计划，不愿意抛下林肯独自逃脱的迈克尔被孤立起来。迈克尔权衡之下同意众人的意见，并决定做最后一搏。迈克尔拜托神父将一条项链交给林肯，声称是母亲的遗物其实内藏玄机。为了拖延在储藏室逗留的时间，迈克尔砸破了水管，如愿以偿的获得了整晚待在储藏室内整理的许可。林肯死刑执行在即，维罗尼卡前往监狱见他最后一面，并在媒体前为林肯喊冤，卡罗林彻底被激怒，下令让人除掉维罗尼卡。

林肯按照迈克尔项链里给予的指示，在8点10分服下了藏匿的药物。瞬间药物发作，痛苦难当的林肯被送往医疗室。9点迈克尔等人正式执行越狱计划，他们通过储藏室的地洞爬向医疗室的下层房间。可抵达时迈克尔才发现原来事先腐蚀掉的通道已经换成新的，且坚不可摧，几人陷入绝望之中。密探黑尼良心发现决定向维罗尼卡吐露真相，黑尼约维罗尼卡出来见面并告诉她林肯确实被人诬陷，而所谓的死者斯迪姆其实尚在人间，他已将所有涉案人员的名字都记录在纸上。正当黑尼打算将名单交给维罗尼卡时，其上司保罗赶到，为了保护维罗尼卡黑尼被保罗枪击。

第十四集：

就在迈克尔等人为管道被换而心急如焚时，狱警听到动劲赶来。现场脱落的钢管让他产生怀疑，遂出外召集帮手察看，为形势所迫迈克尔等人只能按原路返回。离林肯行刑只剩下最后的十六个小时，迈克尔从维斯特莫兰处得知，如果行刑时电椅出现故障，就可为林肯多争取三个礼拜的时间。迈克尔白天冒险爬进地道，巧妙的利用老鼠将电源破坏。不料该行动却被狱友特维纳透露给白兰克，白兰克找人抢修电缆，当白兰克得意洋洋的出现在迈克尔跟前时，他知道一切都结束了。

迈克尔请求莎拉向担任州长的父亲为林肯求情，莎拉表示父亲和她是两条平行线，自己无法影响他的决定，迈克尔悲伤的看着林肯被带出医疗室。另一方面维罗尼卡和尼克仍争取最后的机会为林肯上诉，虽然法官接纳了两人的申请，但却在最后时刻驳回。莎拉听从迈克尔意见找到维罗尼卡了解了整个案情，并将案件的疑点整理交于父亲，恳请他能够花点时间了解此案。

行刑时间转眼即到，林肯悲痛的与迈克尔维罗尼卡拥别，正当踏入刑房时，瓦登突然接到州长的电话，众人希望重燃。无奈州长早已被副总统卡罗林的权势所挟制，表示将遵从原判，林肯绝望的走向电椅。

第十五集：

在行刑前的最后一刻，电话再度响起。迈克尔和维罗尼卡望着黑幕紧掩的窗户，无比悲痛。不料林肯却随着瓦登活生生的站在他们面前。原来凯瑟法官收到一份匿名资料，在资料中注明死者在十二岁时曾动过阑尾手术，而死者成年后的健康检查报告却无该项纪录。案情出现重大转机，林肯的行刑将推迟两个礼拜进行。林肯告诉迈克尔他在行刑前看到了失踪三十年的父亲，可迈克尔难以相信。

维罗尼卡和尼克开始着手开棺验尸，而卡罗林也通过传媒舆论向法官施压。由于尸体已经全面腐烂，只能通过牙齿结构判定死者是否就是卡罗林之弟泰伦斯，摄于卡罗林的威势，验尸官做出了完全一致的判断，一线生机又再度破灭。

不愿意坐以待毙的迈克尔又开始实施全新的越狱计划。此次迈克尔想通过精神病人区进入医疗室，这就意味着他们将有一半的路程是在地面上行走，此举几乎可等同于自杀。为了开辟新的越狱路线，在苏克雷的帮助下，迈克尔搞到一套狱警服，并在夜间通过地道口爬出地面，堂而皇之的进入精神病区。在返回的途中，迈克尔与狱警相遇，虽然躲过一劫，但背部却被严重烫伤。迈克尔被送到莎拉处接受治疗，莎拉对迈克尔皮肤中留下的衣服纤维产生怀疑，对此迈克尔避而不答。而最要命的是，绘有精神病区地下结构蓝图的部分正好被烫伤，迈克尔失去了耐以逃亡的路线指示。