第六集：

晚上迈克尔照例进行着通向外界的挖掘计划，突然监狱察房而迈克尔却仍未返回，苏克雷以枕头伪装迈克尔熟睡状企图蒙混过关。狱警发现情况有异打算进入牢房检查，迈克尔及时返回度过险境。迈克尔告诉苏克雷由于察房干扰，他无法获得足够多的时间挖掘，苏克雷为他出谋划策。迈克尔潜入电机房破坏了冷气设备，整个监狱闷热不堪，犯人们情绪暴躁，为了防止暴动发生监狱实行紧急戒严，迈克尔终于获得了他想要的长时间独处的机会。在勘察中迈克尔发现只要他们能进入医疗室就能越狱出去，而通往医疗室的唯一障碍就是一堵墙。同时暴动逐渐升级，犯人控制了监狱多处地方，被押解回房的林肯遭遇背包，而莎拉也面临犯人的攻击。通过监视系统，迈克尔看到莎拉身处险境，他决定制止这场因自己而引发的暴乱。

同时录像带的被盗让维罗尼卡对尼克的身份产生了怀疑，在她将尼克排除于计划之外的同时，却发现尼克已抢先一步到监狱探视林肯。尼克告诉维罗尼卡他通过调查发现当晚举报林肯身染鲜血出现在案发现场的电话来自华盛顿，换而言之举报人根本就不可能目睹现场情况。维罗尼卡和尼克决定前往华盛顿。

第七集：

有关方面买通监狱犯人特克企图私下解决林肯。在混乱中特克以帮助林肯找寻迈克尔为名，将其带到别处并暗下毒手，林肯机警躲过一劫。背包在混乱中发现迈克尔挖的通道大惊不已，阿布鲁兹警告他严守口风。苏克雷按照迈克尔的吩咐继续墙壁的打通工作，利用物理学原理成功在墙上打出一个大洞，苏克雷和阿布鲁兹惊喜狂笑。犯人们用各种方式欲冲进莎拉藏身的小屋，眼看最后的防线就将突破，莎拉危在旦夕之际，迈克尔适时赶到将她救出重围。不过险情却依旧未能解除，犯人们发现两人躲在通风夹层中，对两人亡命追击。迈克尔将莎拉带到安全处，自己重新返回监狱。林肯在人群中找到迈克尔，两人紧紧拥抱在一起。而背包也不顾迈克尔等人的劝阻，杀害了狱警鲍勃，这场暴乱事件总算趋于平静。脱险后的莎拉回想起迈克尔营救自己的整个过程，就他对监狱结构了如指掌一事产生怀疑。

维罗尼卡和尼克来到华盛顿，通过电视得知监狱发生的情况，尼克提醒维罗尼卡应以调查任务为重。通过调查两人发现被害人斯迪姆的能源计划损及石油业相关方的利益，而此时维罗尼卡在街头接到匿名电话，威胁两人管得太宽死期将至。

第八集：

越狱计划顺利推进，迈克尔让阿布鲁兹利用关系进入储藏室以便在其中挖开通往医疗室的通道。背包察觉他们的越狱计划，宣称如果不带上自己就会揭发出来，阿布鲁兹坚决反对他的加入。维罗尼卡和尼克从华盛顿返回，在钥匙插入大门的瞬间发生突然爆炸，两人死里逃生，尼克身受轻伤。尼克向维罗尼卡提议暂时到外地避避风头，并表示这场阴谋的幕后策划人的势力显然已控制了执法机构。而对方以为他们已在爆破中丧身，这是保全实力的唯一办法，维罗尼卡同意。

迈克尔等人混入目标储藏室，却发现那里已成为狱警的休息室，计划遇到阻碍。林肯发现表现良好的维斯特莫兰是唯一可以进入该休息室的犯人，迈克尔决定从他开始入手。鲍勃的死让狱警们异常震怒，发誓就算翻遍监狱也要找出真凶。迈克尔担心在严密的搜查中 他们所挖的通道将被发现，背包成为身边一颗随时都会爆炸的定时炸弹。白兰克企图引诱维斯特莫兰说出杀害鲍勃的真凶，但却被拒绝。白兰克将维斯特莫兰最心爱的猫杀死，把他彻底推到了迈克尔的阵营，他决定帮助迈克尔放火，几人以清理现场为由进入储藏室。

LJ到监狱探望父亲林肯，林肯向儿子坦白他在被捕时确实正在从事非法活动，但并没有杀人。一日有不明人士探视林肯，并威胁他如果乱说话LJ将会有危险，林肯愤怒不已。秘密探员闯入LJ家，为掩护儿子逃走母亲继父都惨遭毒手，慌乱逃跑中的LJ突然接到电话，对方告知如果不合作，他将会成为现行杀人犯遭到警方通缉。

第九集：

林肯请求瓦登给予特许令，让他可以找寻儿子下落，但遭到瓦登拒绝。吉米不甘受背包性侵犯，向迈克尔伸出求助之手。迈克尔为了不节外生枝决定视而不见，不堪其辱的吉米跳楼自杀，迈克尔深感自责。迈克尔等人为了不留下挖掘地洞的证据，在休息时悄悄的将泥土倾倒出来，他们的一举一动引起了另一名囚犯便条的注意。

新入狱的雏鸟图纳成为背包新的猎取目标，不忍悲剧再度重演的迈克尔决定不再坐视不理。由于迟迟无法找出证人的下落，阿布鲁兹在监狱多年来竖立起的威信首次被动摇。黑帮指定同室的格斯取代他的位置，同时停止了由他孝敬给狱警的月供，阿布鲁兹不再是监狱的地下统治者，整理储藏室的美差落入格斯之手。

迈克尔等在储藏室挖洞途中，突然被狱警驱逐以便与一女职员调情，地洞的秘密差点暴露，迈克尔等人在外心惊胆战的目送两人离开。林肯说动狱警允许他给儿子LJ打电话，林肯告诉LJ迅速与尼克联系，但话音未落秘密探员已发现LJ行踪，所幸LJ趁乱逃脱。维罗尼卡和尼克决定冒险出山继续察访真相，尼克建议可以从被害人斯迪姆的遗孀入手，并猜测他生前最大的敌人应该就是幕后真凶。LJ与尼克联系，密探通过窃听系统获知尼克和维罗尼卡尚在人间的消息，维罗尼卡通过短信通知LJ电话被窃听一事，LJ聪明的摔开警察，与维罗尼卡汇合。

第十集：

格斯等人进入储藏室让迈克尔陷入险境，阿布鲁兹督促迈克尔尽快找到证人斐波纳西的下落，以证明自己对黑手党头子法区仍有利用价值，以重新夺回对监狱的控制权。格斯等人为储藏室翻修地板的工程已近在眼前，地洞的秘密眼看就要暴露迈克尔内心深感矛盾，他不确定牺牲一条无辜的生命换回哥哥一命的行为是否正确。迈克尔让阿布鲁兹替自己约见法西，法西同意一见。迈克尔本想以斐波纳西的下落换取20万美元，不料阿布鲁兹以维罗尼卡的安全做威胁，迈克尔无奈之下只能无条件的向法区和盘托出斐波纳西的下落，而阿布鲁兹也重新赢得了监狱的掌控权。

副总统卡罗林对于黑尔等密探的表现相当失望，派出奎因监督他们的行动。克勒曼当面斥责卡罗林不应该让奎因插手迪斯曼事件，并称他们所代表的势力甚至超出白宫的管辖范围。法区率人到加拿大枪杀斐波纳西，没想到却遭遇警方伏击，法区成丧家之犬。奎因找到维罗尼卡未婚夫，告诉他维罗尼卡身处险境十分危险。不知是陷阱的赛巴斯蒂安通过网络与维罗尼卡取得联系，随后即被奎因杀害。通过网络工具奎因追踪到维罗尼卡的下落。

迈克尔等正在挖洞途中，狱警突然带便条进来，便条自称是他们的一员，并站在洞的位置向迈克尔做出暗示，迈克尔无奈只能接纳他的入伙，越狱成员规模进一步扩大。