第一集：

迈克尔和林肯是一对手足兄弟，林肯被警方以谋杀副总统弟弟的罪名逮捕，并被判处一个月以后枪决的极刑。坚信布鲁斯是无辜的迈克尔，为了救出哥哥假装抢劫银行并被关入和布鲁斯同一个监狱服刑。

进入监狱后，迈克尔一步步开始执行越狱计划。他探知林肯在监狱工厂劳作，为了接近林肯迈克尔向拥有人事调度权的狱友阿布鲁兹抛出橄榄枝，希望能够得到他的帮助但却被拒绝。迈克尔略施小计让阿布鲁兹知道自己的手段，两人大打出手引起骚乱。监狱长瓦登给予迈克尔单独监禁90天的处罚，迈克尔以替瓦登修复建筑模型为交换条件，全身而退。通过此事，阿布鲁兹开始对迈克尔有所忌惮，并将他调入监狱工厂。

林肯的前女友维罗尼卡到监狱探视迈克尔，当迈克尔告诉她林肯是被人诬陷时，维罗尼卡深表怀疑。为了避免最后关头出现意外，副总统卡罗林派人暗杀了反对正在替林肯争取缓刑的主教，维罗尼卡这才意识到确实有人想置布鲁斯于死地，并着手调查幕后黑手。迈克尔与林肯顺利接头，他将自己的构想告诉哥哥，林肯认为越狱是异想天开，迈克尔将自己拥有监狱蓝图的事情和盘托出，林肯对获生重新燃起了希望。

第二集：

经过多日堪察，迈克尔发现医疗室是整个监狱中看守最薄弱的地方，为了获得进入医疗室的机会，他要求狱友便条帮他搞到能防止胰岛素吸收的药物，以便以患上糖尿病为由出入医疗室。迈克尔按照纹身上的监狱构造图，在休息操场找到序列号为11121148的螺丝钉，就在他打算将螺丝钉旋出时，跟班众多的双性恋罪犯“背包”却将它从迈克尔手中抢走。

维罗尼卡从朋友吉尔斯处获得了林肯现身凶案现场的证据，表面看来林肯的谋杀罪证完美得无懈可击。失望之极的维罗尼卡来到监狱告诉林肯不要说谎拖迈克尔下水。林肯告诉维罗尼卡当天他确实准备枪杀死者，不过当赶到现场时对方已经气绝身亡。另一方面维罗尼卡对林肯案件的关注也引起有关方面的注意，危险正逐步向她逼近。

一日狱中种族冲突爆发，迈克尔趁乱从梅泰格手中夺回螺丝钉，混乱中将其刺死。迈克尔按照纹身中的提示将螺丝钉磨成螺丝刀，并以此作为工具旋开了洗浴设备的螺帽。在药物的帮助之下，迈克尔成功骗过莎拉医生获得了出入医疗室的资格，莎拉对此产生疑惑。迈克尔在回房途中，被阿布鲁兹一伙人拦下，为了从迈克尔口中挖出告密证人的下落，阿布鲁兹命人将迈克尔的脚趾剪下。

第三集：

迈克尔被送往莎拉处接受治疗，为了不因小失大，迈克尔请求莎拉为她保密，莎拉同意。一日迈克尔告诉林肯阿布鲁兹和室友苏克雷是自己计划中的关键人物，布鲁斯认为两人根本不值得信任，迈克尔决定试探苏克雷。狱警怀疑迈克尔藏有手机，遂盘问苏克雷并以其女友为威胁，苏克雷迫于压力告发迈克尔，结果才发现所谓的手机只是肥皂刻成的模型。迈克尔告诉苏克雷自己打算越狱，希望他能够加入，但仅有一年多就可重见天日的苏克雷不愿意趟这趟混水，自动换到了另一间牢房，从神经病区调来的“汉瓦”成为迈克尔的新室友。

维罗尼卡找到林肯凶手案的知情人兰迪卡，发现她正惊慌跑路。兰迪卡告诉维罗尼卡她感觉到已被人监控起来，维罗尼卡鼓励她将知道的事情和盘托出，但阿迪卡拒绝出庭作证，几日后阿迪卡被枪杀。“背包”为替美泰格报仇，准备刺杀迈克尔，就在准备动手时原本与他同一阵营的阿布鲁兹突然倒戈，帮迈克尔脱离险境。阿布鲁兹提出和迈克尔合作越狱的计划。特工局探员找到维罗尼卡，话语中暗藏杀机，为了替林肯沉冤昭雪维罗尼卡拒绝了男友的求婚，两人分手。

第四集：

林肯梦见自己被绑上电椅，半夜吓出一身冷汗。“汉瓦”暗中将狱警派发给他的药物吐了出来，并对迈克尔身上的纹身产生了及其浓厚的兴趣。迈克尔告诉阿布鲁兹由于汉瓦晚上从来都不睡觉，因此他无法进行挖掘计划，却并未得到阿布鲁兹的谅解。迈克尔利用帮监狱长瓦登修复建筑物之便，向他暗示想调换室友，不过瓦登表示无法如果没有确实证据可证明他遭到暴力或者性侵犯，否则无法满足他的要求。瓦登向白兰克狱警施压，白兰克再度向迈克尔下毒手。

苏克雷发现女友玛丽克鲁兹正渐渐的被追求者赫克托迷惑，赫克托更到监狱对苏克雷冷嘲热讽，让苏克雷越发暴躁不安，另一方面玛丽克鲁兹向苏克雷下最后通谍，表示自己无法等他16个月，苏克雷决定参与迈克尔的越狱计划。半夜汉瓦撕开迈克尔的衣服，称他的纹身是一个迷宫。迈克尔从储藏室赫阿布鲁兹处搞到有强烈腐蚀效果的化学药剂，并自己撞伤头部借机将汉瓦调出牢房，苏克雷重新搬了回来，在两人的精诚合作之下，打通了牢房与外界的第一道阻隔。不过迈克尔的越狱行动已被相关政要察觉，并计划将其调离福克斯河监狱。另一方面维罗尼卡向死案调查专门部门求助，尼克向他伸出援助之手，两人和林肯面谈后对于案情终于有所头绪。

第五集：

监狱长瓦登受到威胁，被迫签署了将迈克尔转狱的调令。迈克尔、林肯、阿布鲁兹、苏克雷四人利用工作接触之便，开始讨论越狱的详细计划。瓦登来到牢房向迈克尔传达了转狱的命令，林肯再度陷入绝望之中，迈克尔鼓励他要坚守信念，不要放弃最后的希望。为了拖延转狱时间，买迈克尔向老狱友求助并得知只要他提出拒绝转狱的申请，就可获得至少一个月以上的缓冲时间，迈克尔看到一线转机。迈克尔发现牢房可以通向屋顶，遂要求阿布鲁兹搞到屋顶的钥匙。阿布鲁兹安排了一场不大不小的袭警事件，借机拿到了钥匙的采样。有关方面得知迈克尔拒绝转狱的风声后，继续向瓦登施压，瓦登无奈以有漏洞为由驳回了迈克尔的申请。在转狱当天迈克尔悲伤的注视着林肯的背影顿感无力，可在最后关头瓦登突然改变决定。

另一方面，维罗尼卡和尼克找高手对林肯犯罪现场的录像带进行数据分析，发现枪声并非来自现场，这个突破性的发现让两人惊喜异常。不过该人却称除非看过母带，否则拒绝出庭作证。维罗尼卡和尼克到调研局申请母带获取令，却被告知由于发生漏水事故母带已被破坏。维罗尼卡回到家中，发现家中被人入侵，而私藏的录像带也被人窃取。